Janji kemerdekaan itu sudah diucapkan sejak 7 September 1944. Perdana Menteri Jepang saat itu, Kuniaki Koiso, mengiming-imingi hadiah kemerdekaan bagi Indonesia bila Jepang menang dalam Perang Asia Timur Raya.
Kabar itu disambut Ir. Soekarno dengan memimpin rapat pada 12 September 1944. Dalam rapat itu dibahas soal pengaturan pemakaian bendera dan lagu kebangsaan yang sama di seluruh Indonesia. Lalu dibentuk panitia bendera kebangsaan merah putih diketuai Ki Hajar Dewantara dan panitia lagu kebangsaan Indonesia Raya yang dikomandani Soekarno.
Untuk membuat bendera, kainnya diambil di gudang yang berada di jalan Pintu Air kemudian diantarkan ke jalan Pegangsaan Nomor 56 Jakarta. Kain itu lantas dijahit jadi bendera oleh Fatmawati, istri Soekarno.
Bendera Merah Putih yang pertama kali dikibarkan saat proklamasi kemerdekaan, 17 Agustus 1945, memiliki panjang 300 centimeter dengan lebar 200 centimeter. Bendera tersebut terbuat dari bahan katun halus atau setara dengan jenis primissima untuk batik tulis halus.
Pada 4 Januari 1946, Presiden, Wakil Presiden, dan para menteri pindah ke Yogyakarta, karena keamanan di Jakarta tidak terjamin. Bendera Pusaka juga turut dibawa dan dikibarkan di Gedung Agung.
Ketika Yogyakarta dikuasai Belanda pada 19 Desember 1948, Soekarno menitipkan Bendera Pusaka kepada ajudannya, Husein Mutahar. Agar bendera tidak disita Belanda, Husein melepaskan benang jahitan sehingga bagian merah dan putihnya terpisah.
Pada pertengahan Juni 1949, Husein menyatukan kembali bendera pusaka dengan mengikuti lubang jahitannnya satu persatu. Bendera pusaka itu dikirim kepada Presiden Soekarno, dan pada 17 Agustus 1949, bendera pusaka kembali dikibarkan di halaman depan Gedung Agung.
Sejak 1958, bendera tersebut ditetapkan sebagai Bendera Pusaka dan selalu dikibarkan setiap 17 Agustus dalam upacara kemerdekaan di Istana Merdeka. Namun, lantaran kondisinya sudah rapuh, sejak 17 Agustus 1968, bendera pusaka tidak lagi dikibarkan dan diganti dengan duplikat.
Jauh sebelum Indonesia merdeka, bendera Merah Putih sebenarnya sudah dipakai kerajaan Majapahit. Bendera tersebut menjadi lambang kebesaran kerajaan. Selain kerajaan Majapahit, kerajaan Kediri lebih dulu memakai panji-panji berwarna merah putih.
Sisingamangaraja IX dari Batak juga memakai merah dan putih untuk bendera perang. Bahkan, pedang kembar pusaka raja-raja Sisingamangaraja I-XII turut memakai warna merah menyala dan putih.
Selain itu, ketika perang di Aceh berlangsung, pejuang-pejuang menggunakan umbul-umbul warna merah putih dengan gambar pedang, bulan sabit, matahari dan bintang serta beberapa ayat yang diambil dari Al-Qur’an. Dalam Perang Jawa, Pangeran Diponegoro juga menggunakan panji berwarna merah dan putih bersama pasukannya yang berjuang melawan Belanda.
