Terkenal dengan julukan sebagai kota hujan, Bogor diyakini memiliki hubungan lokatif dengan Kota Pakuan sebagai Ibu Kota Kerajaan Padjadjaran. Sejarahnya dimulai sejak abad IV Masehi.
Beberapa tulisan sejarah menyebutkan, sekitar abad ke-13 s.d. ke-15 Masehi, Bogor menjadi pusat pemerintahan dari kerajaan terbesar yang menguasai Pasundan. Kota dengan curah hujannya yang tinggi ini juga turut diyakini sebagai tempat berdirinya Kerajaan Tarumanegara hingga menjadi tempat bermukimnya sejumlah kerajaan lainnya.
Alasan Bogor kala itu dijadikan pemukiman sejumlah kerajaan, dikarenakan daerah pegunungan bisa dijadikan sebagai tempat yang aman untuk bertahan dalam melawan serangan dari musuh. Bahkan Bogor juga saat itu menjadi daerah yang subur dan memiliki akses yang mudah dijangkau untuk jalur perdagangan.
Bogor diyakini menjadi lokasi dari Padjadjaran dibuktikan dengan adanya prasasti-prasasti yang ditemukan. Salah satunya prasasti 1533 yang mengisahkan tentang kekuasaan Prabu Surawisesa dari Kerajaan Sunda.
Sementara itu, pada era kolonial Belanda, Bogor dikenal dengan julukan Buitenzorg yang berarti tanpa kecemasan atau aman tentram. Pada ekspedisi Belanda 1687-an yang dipimpin Scipio dan Riebeeck, catatan sejarah Kota Pakuan yang hilang setelah penyerbuan tentara Banten akhirnya bisa kembali ditemukan.
Seiring pembangunan Jalan Raya Deendels, pada 1745-an, Gubernur Jendral Gustaaf Willem Baron Van Imhoff membangun Istana Bogor dan menggabungkan 9 distrik yang meliputi Cisarua, Pondok Gede, Ciawi, Ciomas, Cijeruk, Sindang Barang, Balubur, Dramaga, dan Kampung Baru dalam satu pemerintahan hingga pada akhirnya disebut Kampung Baru Buitenzorg.
Di masa pendudukan Jepang, akibat adanya perubahan nama-nama lembaga pemerintahan dan dipusatkannya pemerintahan pada tingkat keresidenan yang berkedudukan di Bogor, membuat Pemerintahan Kota Bogor melemah.
Ketika Indonesia merdeka, dengan didasari Undang-Undang (UU) Nomor 16 Tahun 1950, Kota Bogor berubah nama menjadi Kota Besar Bogor.
Akan tetapi, tujuh tahun kemudian atau tepatnya pada 1957, Bogor kembali berganti nama menjadi Kota Praja Bogor. Selanjutnya, melalui UU Nomor 18 Tahun 1965 dan UU Nomor 5 Tahun 1974 berubah menjadi Kotamadya Daerah Tingkat II Bogor.
Hingga puncaknya melalui UU Nomor 22 tahun 1999, Kotamadya Daerah Tingkat II Kota Bogor pun diubah menjadi Kota Bogor dan berlaku sampai dengan saat ini. Pada 3 Juni 2022, Kota Bogor tengah merayakan Hari Jadi ke-540.
