Konflik ini bermula dari ketegangan antara Indonesia dan Malaysia, dipicu oleh ketidaksetujuan Indonesia terhadap pembentukan Federasi Malaysia yang mencakup Sarawak dan Sabah.
Status kedua wilayah ini sebagai Wilayah Tak Tergantung Menurut Perserikatan Bangsa-Bangsa (Non Self Governing Territories) menjadi pemicu utama konfrontasi.
Pada tahun 1963, Presiden Soekarno menyatakan Malaysia sebagai boneka Inggris dan menggagas konfrontasi, dikenal dengan sebutan “Ganyang Malaysia”.
Kejadian memanas ketika demonstrasi di Malaysia menyinggung Soekarno dengan menginjak lambang Garuda dan membakar fotonya, memicu kemarahan yang mendalam dari pihak Indonesia.
Menteri Luar Negeri Indonesia, Soebandrio, secara resmi mengumumkan sikap bermusuhan terhadap Malaysia pada 20 Januari 1963. Pada bulan April, sukarelawan Indonesia memasuki Sarawak dan Sabah untuk melakukan propaganda serta aksi penyerangan dan sabotase.
Soekarno kemudian mengumumkan niatnya untuk “Ganyang Malaysia” pada 27 Juli, yang diikuti dengan pertempuran dan eskalasi kekerasan di perbatasan. Pasukan khusus dari kedua belah pihak, termasuk Kopassus dari Indonesia dan SAS dari Inggris dan Australia, terlibat dalam pertempuran sengit di Kalimantan.
Meskipun konflik melibatkan banyak pihak, termasuk Filipina yang memutuskan hubungan diplomatik dengan Malaysia, keberhasilan militer terbatas dan tuntutan domestik memaksa Indonesia mengurangi intensitas perang. Pada 1966, perjanjian damai akhirnya ditandatangani di Bangkok, menandai akhir dari konfrontasi tersebut.
Sebagai tambahan, Soekarno sering kali menggunakan lagu “Terang Bulan” sebagai sindiran terhadap lagu kebangsaan Malaysia, menggarisbawahi ketegangan politik antara kedua negara dalam konflik ini.
