Stasiun Kereta Api Manggarai di Jakarta Selatan merupakan salah satu stasiun transit penting bagi penumpang commuter line, melayani rute Jakarta, Bogor, dan Bekasi. Dengan rencana untuk dijadikan stasiun sentral bagi kereta api jarak jauh, Stasiun Manggarai memiliki nilai sejarah yang tinggi dan telah menjadi jalur transportasi kereta api yang sibuk sejak lama.
Wilayah Manggarai sudah ada sejak abad ke-17 dan awalnya merupakan tempat tinggal dan pasar budak asal Manggarai, Flores. Seiring waktu, daerah ini berkembang menjadi sebuah perkampungan.
Kereta api pertama kali melintasi wilayah ini dibangun oleh perusahaan swasta Nedherlandsch Indische Spoorweg Maatschappij dengan jalur lintas Jakarta-Buitenzorg (sekarang Bogor). Stasiun Bukitduri (sekarang menjadi depo KRL) dibangun sebagai tempat pemberhentian kereta tersebut.
Pada 1913, perusahaan kereta api Staatssporwegen mulai menguasai jaringan perkeretaapian di Jakarta setelah membeli jalur Jakarta-Bekasi dari Bataviaasche Ooster Spoorweg Maatschappij (BOS) pada 1899 dan jalur Jakarta-Bogor dari NISM pada 1913.
Setelah akuisisi tersebut, Staatssporwegen melakukan penataan ulang jalur kereta apinya. Pada 1914, mereka membongkar Stasiun Boekitdoeri eks-NISM dan membangun Stasiun Manggarai. Arsiteknya adalah Ir. J. Van Gendt, dan pembangunan stasiun ini selesai pada 1 Mei 1918.
Meskipun demikian, saat peresmiannya, bangunan Stasiun Manggarai belum sepenuhnya selesai. Atap besi tidak dapat didatangkan karena Perang Dunia Pertama, sehingga untuk sementara waktu, stasiun ini menggunakan atap kayu.
Pada ulang tahun ke-50 Staatssporwegen, perusahaan tersebut mulai mengoperasikan kereta listrik untuk pertama kalinya dengan lintas Jakarta-Tanjung Priuk. Proyek elektrifikasi dilanjutkan sampai ke Stasiun Manggarai dan rampung pada 1 Mei 1927.
Stasiun Manggarai memiliki nilai historis yang tinggi, termasuk sebagai stasiun awal untuk pemindahan ibu kota sementara ke Yogyakarta pada 4 Januari 1946. Persiapan rahasia untuk perjalanan Presiden dan Wakil Presiden saat itu juga dilakukan di stasiun ini.
Jenderal Soedirman, Panglima Besar, tercatat pernah singgah di Stasiun Manggarai pada 1 November 1946 untuk menghadiri perundingan gencatan senjata di Jakarta. Kedatangan Jenderal Soedirman dan rombongannya disambut sorak-sorai rakyat Indonesia, menandai momen penting dalam sejarah.
Stasiun Kereta Api Manggarai bukan hanya sekadar tempat transit, tetapi juga memiliki sejarah yang kaya dan berperan penting dalam perkembangan transportasi serta sejarah politik Indonesia. Dengan rencana untuk menajadi stasiun sentral, Stasiun Manggarai akan terus menjadi bagian integral dari jaringan transportasi di Jabodetabek dan Indonesia.